Microbiome
Ensemble des micro-organismes ET de leurs gènes présents dans un environnement donné (souvent l'intestin), à distinguer du microbiote qui désigne les organismes eux-mêmes.
Une nuance de vocabulaire fréquemment confondue :
- Microbiote : la communauté des micro-organismes eux-mêmes (les bactéries, virus, champignons)
- Microbiome : l’ensemble plus large incluant ces micro-organismes ET leur patrimoine génétique collectif, leurs métabolites, et leur environnement
En pratique, les deux termes sont souvent employés de façon interchangeable, mais « microbiome » insiste sur la dimension génétique et fonctionnelle.
Angle original (notre second génome) : chiffre vertigineux — le microbiome intestinal contient environ 150 fois plus de gènes que le génome humain ! On parle d’un « second génome ». Ces gènes bactériens codent des fonctions que notre propre ADN ne possède pas : dégrader certaines fibres, synthétiser des vitamines (K, certaines B), produire des neurotransmetteurs, métaboliser des médicaments et des polyphénols.
Autrement dit, nos capacités métaboliques réelles sont un partenariat entre nos gènes et ceux de nos bactéries. Deux personnes avec le même génome humain mais des microbiomes différents « digèrent » et réagissent différemment aux mêmes aliments.
L’individualité microbienne : chaque microbiome est unique — plus personnel qu’une empreinte digitale. Il dépend de la naissance (voie basse vs césarienne), de l’allaitement, de l’alimentation, de l’environnement, des antibiotiques, du mode de vie. Cette unicité explique pourquoi la nutrition personnalisée émerge : le même aliment provoque des réponses glycémiques différentes selon le microbiome (étude Zeevi/Segal, Cell 2015).
Implications pour l’avenir : le microbiome ouvre des perspectives — nutrition personnalisée basée sur son profil bactérien, transplantation de microbiote fécal (déjà efficace contre certaines infections), psychobiotiques, ciblage de bactéries spécifiques. C’est une frontière majeure de la médecine et de la nutrition.
Le nourrir : diversité alimentaire (chaque fibre nourrit des bactéries différentes), aliments fermentés, fibres et prébiotiques, limitation des ultra-transformés et antibiotiques inutiles.