Probiotiques : matin ou soir, avant ou après le repas ?

La réponse courte

Matin ou soir, peu importe : ce qui compte, c’est le moment par rapport au repas, et la régularité. La seule étude qui a comparé les moments de prise, réalisée sur un modèle de digestion en laboratoire, a trouvé que les bactéries probiotiques survivaient le mieux quand elles étaient prises pendant le repas ou dans les 30 minutes avant, et beaucoup moins bien 30 minutes après. La levure Saccharomyces boulardii, elle, n’était pas affectée par le moment du repas. Le conseil « à jeun le matin », très répandu, ne repose donc pas sur des preuves solides. En pratique, suis la notice de ton produit et prends-le chaque jour au même moment.

Cet article informe, il ne remplace pas l’avis de ton médecin ou de ton pharmacien.

Un probiotique, c’est quoi ?

La définition internationale, fixée par la FAO et l’OMS et confirmée par un consensus d’experts en 2014, est la suivante : des « micro-organismes vivants qui, administrés en quantité suffisante, apportent un bénéfice pour la santé ». Trois conditions, donc : vivants, en quantité suffisante, avec un effet démontré. Chaque souche a ses propres effets, et un résultat obtenu avec l’une ne vaut pas forcément pour une autre.

Avant, pendant ou après le repas : ce que dit l’étude

En 2011, des chercheurs canadiens ont fait passer un probiotique du commerce, contenant deux lactobacilles, une bifidobactérie et la levure S. boulardii, dans un modèle de laboratoire qui reproduit l’estomac et le début de l’intestin. Ils ont comparé plusieurs moments de prise, avec un repas de flocons d’avoine au lait.

Moment de prise	Survie des bactéries
30 minutes avant le repas	🟢 la meilleure
Pendant le repas	🟢 la meilleure
30 minutes après le repas	🔴 faible

Autres résultats de cette étude :

• les bactéries survivaient mieux dans du lait à 1 % de matière grasse ou une bouillie d’avoine au lait que dans du jus de pomme ou de l’eau ;
• la teneur en matières grasses du repas semblait plus importante que sa teneur en protéines ;
• la levure S. boulardii n’était influencée ni par le moment, ni par le type de repas.

Les auteurs concluent que les probiotiques bactériens sans enrobage gastro-résistant devraient idéalement être pris pendant ou juste avant un repas contenant un peu de gras. Limites importantes : c’est une étude en laboratoire, pas chez l’humain, sur un seul produit, et son auteur principal travaille pour l’Institut Rosell (groupe Lallemand), un fabricant de probiotiques. Elle donne une piste, pas une certitude.

Selon la forme du produit

Forme	Conseil de prise
Gélule simple, poudre	pendant ou juste avant un repas, d’après l’étude de 2011
Gélule gastro-résistante	l’enrobage protège déjà de l’acidité : suis la notice du fabricant
Levure S. boulardii, comme Ultra-Levure	moment indifférent ; ne pas mélanger à un aliment ou une boisson chaud, glacé ou alcoolisé
Yaourt, kéfir, aliments fermentés	ce sont déjà des aliments, pris au cours d’un repas

Pour la levure, tous les détails sont dans notre guide Ultra-Levure : probiotique ou médicament ?

Lire l’étiquette d’un probiotique

Avant de se demander quand prendre un probiotique, encore faut-il bien le choisir. Trois informations comptent sur l’étiquette :

Mention	Exemple	Pourquoi c’est important
Genre, espèce et souche	Lactobacillus rhamnosus GG, Saccharomyces boulardii CNCM I-745	les effets sont démontrés souche par souche : un résultat obtenu avec une souche ne vaut pas forcément pour une autre de la même espèce
Quantité de micro-organismes, en UFC	5 milliards d’UFC par jour	chez l’enfant sous antibiotiques, les doses d’au moins 5 milliards d’UFC par jour se sont montrées plus efficaces que les doses plus faibles
Conditions de conservation	au réfrigérateur, ou à température ambiante	ce sont des organismes vivants : une mauvaise conservation peut réduire leur nombre

Un produit qui ne précise ni la souche ni la quantité ne permet pas de savoir s’il correspond à ce qui a été étudié. Et l’expression « milliards de ferments » sans précision de date, à la fabrication ou en fin de durée de vie, reste vague. En cas de doute, ton pharmacien peut t’aider à comparer.

Probiotiques et antibiotiques

C’est la situation où les probiotiques ont les meilleures preuves. Deux revues Cochrane, la référence en médecine fondée sur les preuves, font le point :

Ce qui a été mesuré	Sans probiotique	Avec probiotique
Diarrhée sous antibiotiques chez l’enfant (33 essais, 6 352 enfants)	19 %	8 %
Diarrhée à Clostridium difficile, adultes et enfants (31 essais, 8 672 personnes)	4 %	1,5 %

Chez l’enfant, les doses d’au moins 5 milliards d’UFC par jour se sont montrées plus efficaces que les doses plus faibles. Pour C. difficile, le bénéfice était surtout net chez les personnes les plus à risque, hospitalisées notamment.

Faut-il espacer probiotique et antibiotique ? On conseille souvent de laisser deux heures entre les deux, pour que l’antibiotique ne détruise pas les bactéries du probiotique. C’est logique, mais nous n’avons pas trouvé d’essai qui ait comparé les deux façons de faire. Suis la notice de ton produit. Pour la levure S. boulardii, la question ne se pose pas : les antibiotiques n’agissent pas sur les levures.

Contre la gastro : un bénéfice incertain

Les probiotiques sont très souvent pris pendant une gastro-entérite. La revue Cochrane de 2020, la plus complète sur le sujet, invite à la prudence : elle a réuni 82 études et plus de 12 000 participants, surtout des enfants.

Critère, dans les études les plus fiables	Résultat
Diarrhée durant 48 heures ou plus	aucune différence avec le groupe témoin, 2 essais, 1 770 participants
Durée de la diarrhée	peut-être raccourcie de 8,6 heures, mais avec une incertitude très grande
Qualité de l’ensemble des études	risque de biais élevé ou incertain pour beaucoup, fortes différences entre études, biais de publication

Les auteurs ont vérifié ce résultat pour les souches les plus utilisées, dont Lactobacillus rhamnosus GG et Saccharomyces boulardii, sans changement de conclusion. Autrement dit, les probiotiques ont de meilleures preuves pour prévenir la diarrhée sous antibiotiques que pour traiter une gastro déjà déclarée. Dans une gastro, la priorité reste la réhydratation.

Combien de temps prendre des probiotiques ?

Il n’existe pas de durée universelle : elle dépend de la souche et de l’objectif. Quelques repères :

• les probiotiques ne s’installent pas durablement : la levure S. boulardii, par exemple, disparaît des selles 2 à 5 jours après l’arrêt ;
• une cure de plusieurs semaines sans objectif précis n’a pas de base solide.

Pour entretenir ton microbiote au quotidien, l’assiette reste la meilleure stratégie : fibres, légumes, légumineuses, céréales complètes. Voir notre guide probiotiques et microbiote intestinal.

Yaourt, kéfir, choucroute : des aliments fermentés, pas forcément des probiotiques

On présente souvent les aliments fermentés comme des « probiotiques naturels ». Les experts de l’ISAPP, dans un consensus de 2021, distinguent pourtant clairement les deux :

• un aliment fermenté est un aliment fabriqué grâce à la croissance de micro-organismes : yaourt, kéfir, choucroute, kimchi, miso, pain au levain, certains fromages ;
• un probiotique est un micro-organisme vivant, identifié, dont l’effet sur la santé a été démontré à une dose donnée.

Un aliment fermenté peut contenir des microbes vivants sans qu’un bénéfice précis ait été prouvé ; certains, comme le pain ou la choucroute pasteurisée, n’en contiennent d’ailleurs plus. Le yaourt fait figure d’exception : l’Union européenne autorise une allégation selon laquelle les ferments vivants du yaourt améliorent la digestion de son lactose chez les personnes qui le digèrent mal. C’est l’une des très rares allégations de santé liées à des ferments vivants autorisées dans l’Union.

Pendant la grossesse, pas de précaution particulière pour les yaourts et laits fermentés au lait pasteurisé ; les fromages et laits fermentés au lait cru suivent, eux, les règles habituelles de la grossesse.

Quels médicaments ne pas prendre avec des probiotiques ?

Médicament	Avis	Pourquoi
Antibiotiques et probiotique bactérien	🟠 espacer selon la notice	l’antibiotique peut tuer les bactéries
Antifongiques et levure S. boulardii	🔴 à ne pas associer	l’antifongique détruit la levure
Immunosuppresseurs, chimiothérapie	🔴 avis médical obligatoire	risque d’infection chez les personnes immunodéprimées

Probiotiques et grossesse

Les femmes enceintes se demandent souvent si des probiotiques pourraient éviter une allergie à leur bébé. Les recommandations européennes d’allergologie de l’EAACI, mises à jour en 2020, ne formulent ni recommandation pour, ni recommandation contre les probiotiques pendant la grossesse, l’allaitement ou chez le nourrisson dans ce but : les preuves ne permettent pas de trancher. Comme pour tout complément pendant la grossesse, parles-en à ta sage-femme ou à ton médecin avant d’en prendre, notamment pour les produits à base de levure, que la notice d’Ultra-Levure déconseille par précaution pendant la grossesse.

Qui doit éviter les probiotiques ?

Chez les personnes en bonne santé, les probiotiques sont bien tolérés : dans la revue Cochrane de 2017, les effets indésirables n’étaient pas plus fréquents qu’avec un placebo. En revanche, pour la levure S. boulardii, de très rares cas de passage dans le sang ont été rapportés chez des personnes immunodéprimées, en réanimation ou porteuses d’un cathéter veineux central, qui ne doivent pas en prendre. Plus largement, toute personne dont l’immunité est affaiblie doit demander l’avis de son médecin avant de prendre un probiotique.

Questions fréquentes

Faut-il prendre ses probiotiques le matin ou le soir ?

Le moment de la journée compte moins que le moment par rapport au repas. En laboratoire, les bactéries survivent mieux prises pendant ou juste avant un repas. Choisis le moment où tu n’oublieras pas.

Faut-il prendre les probiotiques à jeun ?

Ce conseil est très répandu, mais la seule étude qui a comparé les moments a trouvé l’inverse pour les bactéries : une meilleure survie avec un repas, surtout s’il contient un peu de gras.

Avant ou après le repas ?

Plutôt pendant ou dans les 30 minutes avant. Trente minutes après le repas, la survie était faible dans l’étude de 2011.

Peut-on prendre des probiotiques avec un antibiotique ?

Oui, c’est même la situation où leurs preuves sont les meilleures. Pour un probiotique bactérien, on conseille souvent d’espacer les prises ; suis la notice.

Avec quoi avaler un probiotique ?

Dans l’étude de 2011, les bactéries survivaient mieux dans du lait que dans de l’eau ou du jus de pomme.

Combien de temps prendre des probiotiques ?

Cela dépend de la souche et de l’objectif : suis la notice. Ils ne s’installent pas durablement dans l’intestin.

Les probiotiques soignent-ils la gastro-entérite ?

Selon la revue Cochrane de 2020, les études les plus fiables ne montrent pas de réduction du risque de diarrhée prolongée. Leurs meilleures preuves concernent la prévention de la diarrhée sous antibiotiques.

Le kéfir est-il un probiotique ?

C’est un aliment fermenté qui contient des microbes vivants, mais pas un probiotique au sens strict, faute d’effet démontré pour une souche et une dose précises.

Faut-il prendre des probiotiques pendant la grossesse pour éviter les allergies du bébé ?

Les recommandations européennes de l’EAACI ne se prononcent ni pour ni contre : les preuves sont insuffisantes.

Nos sources

• Tompkins TA, Mainville I, Arcand Y. The impact of meals on a probiotic during transit through a model of the human upper gastrointestinal tract. Benef Microbes, 2011 (PMID 22146689).
• Hill C et coll. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nat Rev Gastroenterol Hepatol, 2014 (PMID 24912386).
• Guo Q et coll. Probiotics for the prevention of pediatric antibiotic-associated diarrhea. Cochrane Database Syst Rev, 2019 (PMID 31039287).
• Goldenberg JZ et coll. Probiotics for the prevention of Clostridium difficile-associated diarrhea in adults and children. Cochrane Database Syst Rev, 2017 (PMID 29257353).
• ANSM, base de données publique des médicaments : notice et résumé des caractéristiques d’Ultra-Levure, 2024.
• Collinson S et coll. Probiotics for treating acute infectious diarrhoea. Cochrane Database Syst Rev, 2020 (PMID 33295643).
• Marco ML et coll. The ISAPP consensus statement on fermented foods. Nat Rev Gastroenterol Hepatol, 2021 (PMID 33398112).
• Halken S et coll. EAACI guideline: preventing the development of food allergy in infants and young children, 2020 update (PMID 33710678).
• Règlement (UE) n° 432/2012 : allégation autorisée sur les ferments vivants du yaourt et la digestion du lactose.